В чем разница, если бы решение об обвинительном заключении принял прокурор, которому это положено по должности, а не следователь?

Разница в том, что решение об обвинительном заключении принимал бы прокурор, которому это положено по должности, а не следователь.

Ок, теперь стало намного понятнее.