На сегодня не очень понятно, почему его Трамп убрал. Из NYT выглядит (https://www.nytimes.com/2017/02/14/us/politics/fbi-interviewed-mike-flynn.html)так, что Флинн скорее просто не сработался в команде, и то что Пенс возмутился оказалось последней каплей. Возможно, мы его еще увидим.